Il Museo Naturalistico si articola in varie aree espositive dotate di numerose immagini, schede descrittive di fauna e flora e pregevoli ricostruzioni di diversi ambienti del parco, con scenari di predazione, tranquilli corsi d'acqua e istanti della vita di animali di diverse specie.
Il Museo naturalistico del Parco dell'Adamello, proprio grazie alla ricchezza di scenari e informazioni tecnico scientifiche di cui dispone, si propone come valido strumento di approccio alla conoscenza del territorio. Inoltre gli esperti operatori presenti presso la struttura effettuano percorsi guidati all'interno del Museo, aggiungendo particolarità, curiosità e dettagli alle già numerose informazioni fornite.

Lo scenario delle zone umide
Nell'area dedicata alle zone umide vengono riuniti i vari ambienti caratterizzati dalla presenza dell'acqua come elemento dominante: torrenti, ruscelli, laghi naturali, bacini artificiali, pozze, acquitrini, campi di sorgente e torbiere. Sono descritte ed illustrate sia la componente faunistica che vegetazionale il cui ciclo vitale è legato ai luoghi particolarmente ricchi d'acqua. La trota fario (Salmo trutta fario) che è la specie ittica più frequente nelle acque correnti di torrenti, il merlo acquaiolo (Cinclus cinclus) che, per procurarsi il cibo, nuota e cammina sui fondali, gli anfibi legati all'acqua nelle prime fasi del loro ciclo vitale, quali il raro tritone crestato (Triturus cristatus) la salamandra pezzata (Salainandra salaniandra), la rana rossa (Rana temporaria), sono solo alcune delle specie presenti.
Particolarmente efficace in questa sezione del Museo, la ricostruzione di un torrente con la descrizione dell'ecosistema da esso determinato.

Lo scenario dei boschi di latifoglie
Nella zona dedicata ai boschi di latifoglie vengono descritti e mostrati i vari consorzi puri o misti di latifoglie decidue presenti nel territorio del Parco, dal fondovalle fin verso gli 800 1000 m di quota. Nel fondovalle domina il castagno, ma non mancano querceti misti ad altre specie arboree (acero, tiglio, frassino, carpino, betulla, nocciolo, sambuco ...) resi riconoscibili nel periodo autunnale dalle suggestive e forti colorazioni assunte. La fauna reperibile nei boschi di latifoglie è rappresentata dal capriolo (Capreolus capreolus) erbivoro molto schivo, la cui alimentazione è generalmente caratterizzata da foglie e cime di quasi tutte le latifoglie e da vegetazione erbacea.
Nel Museo è esposto un piccolo di capriolo imbalsamato oltre che una dettagliata scheda biologica ed etologica della specie, che insegna a riconoscere i "segni" della sua presenza sul territorio. La volpe (Vulpes, vulpes), frequente nel territorio del Parco è rappresentata nel museo da numerosi esemplari imbalsamati, mentre la descrizione delle sue caratteristiche biologiche e comportamenti è affidata a dettagliate schede. Il ghiro (Glis, glis), il picchio muratore, il picchio rosso maggiore, la poiana, sono altre tre le numerose specie qui rappresentate.

Lo scenario dei boschi di conifere
I boschi di abete rosso o peccete, spesso misti a larice, sono le formazioni boschive che caratterizzano l'orizzonte montano superiore del Parco tra i 1000 e i 2000 m e sono rappresentati nel museo nell'area denominata boschi di conifere. Altre aghifoglie presenti nel Parco, anche se poco rappresentate sono: il pino silvestre (Pinus silvestrí), l'abete bianco (Abies alba), il pino cembro (Pinus cem,bra). La fauna tipica di questo ambiente descritta nel Museo è rappresentata dallo scoiattolo, di cui sono esposti esemplari imbalsamati in una ricostruzione relativa alle loro abitudini alimentari, la martora, la cincia mora, il tordo bottaccio, il gallo cedrone ed altri ancora.

Lo scenario degli arbusti contorti
La fascia degli arbusti contorti si estende tra il limite superiore delle foreste e le praterie di altitudine, dove le piante legnose e cespugliose si contendono lo spazio vitale. La flora presente in questa zona e descritta nel Museo è rappresentata da: ontano verde o di monte, cespuglieti a rododendro rosso, ginepro nano e pino mugo. Per quanto riguarda la fauna vi ritroviamo: l'arvicola delle nevi, il merlo dal collare, la passera scopaiola e il fagiano di monte, con relativa scheda descrittiva della bilogia ed etologia.

Lo scenario delle praterie alpine
Nella zona delle praterie alpine, che si estendono dai 1100 ai 2200 m di quota, si possono osservare alcune delle specie vegetali presenti, che si differenziano anche in base al tipo di suolo presente. La fauna descritta m questa sezione vede ad esempio la coturnice, la lepre bianca, la marmotta, il cervo che è il Più grosso ungulato della fauna europea; inoltre, vengono fornite informazioni su come rilevare la presenza di queste specie sul territorio.

Lo scenario degli ambienti rupestri
Le zone degli ambienti rupestri, che compaiono oltre i 2500 m di quota, vengono descritte sottolineandone le condizioni altamente selettive che, oltre alla natura acida o basica del suolo, rappresentano il principale fattore determinante la flora presente. La fauna descritta è rappresentata dall'aquila reale, di cui è esposto un magnifico esemplare imbalsamato, la pernice bianca, il camoscio, lo stambecco, l'ermellino, il corvo imperiale ed altri ancora.

I diorami, gli uccelli . e altro ancora
Meritano sicuramente una nota a parte i due bellissimi diorami presenti nel museo; il più esteso è una riproduzione di una zona presso il Passo Croce Domini nella stagione estiva: si può osservare una volpe in agguato verso un gallo forcello, un branco di camosci, una zona umida con eriofori e rana temporaria, un esemplare di pino mugo. Sicuramente suggestivo il diorama del gufo reale in atteggiamento predatorio.
Nel Museo non manca la parte dedicata agli uccelli, che mira soprattutto a fornire gli strumenti per riconoscere dal volo gli uccelli che si possono osservare nel Parco.
Non da ultima la sezione mineralogica del Museo che raccoglie numerosi frammenti di rocce e minerali ritrovati nel Parco, a testimonianza dell'orogenesi della Valle.
Ultima nota riguarda i numerosi esemplari di animali imbalsamati presenti nel museo, parte di questi sono stati ritrovati ed alcuni abbattuti illegalmente. In un ultimo gesto di generosità, questi animali vengono utilizzati oggi come documento didattico, nella speranza che stimolino il desiderio di vederne sempre di più in vita, nel loro ambiente naturale.